Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) 1 Kepulauan Mentawai pada awal berdirinya bernama MTsN Sioban. Madrasah ini didirikan di Desa Sioban, ibu kota Kecamatan Sipora. Madrasah ini dibuka dan dinegerikan pada tahun 1997 berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 107 Tahun 1997 tentang Pembukaan dan Penegerian Madrasah.
Pada tahun 2004, MTsN 1 Kepulauan Mentawai direlokasi ke ibu kota Kabupaten Kepulauan Mentawai, yaitu Tuapejat, yang beralamat di KM 02 Desa Tuapejat. Pada saat itu dibangun empat ruang belajar baru. Pada tahun berikutnya, MTsN 1 Kepulauan Mentawai yang beralamat di KM 02 tersebut mendapat bantuan pembangunan gedung perkantoran yang digunakan sebagai ruang pimpinan dan majelis guru.
Lokasi MTsN 1 Kepulauan Mentawai yang terletak di KM 02 Tuapejat ini cukup jauh dari pemukiman penduduk, sehingga perkembangan jumlah siswa tidak begitu menggembirakan. Pada tahun 2004, MTsN 1 Kepulauan Mentawai menerima sebanyak 17 orang siswa, kemudian pada tahun berikutnya meningkat menjadi 20 orang siswa. Jumlah siswa pada tahun-tahun berikutnya tidak jauh berbeda dengan tahun sebelumnya.
Memperhatikan perkembangan jumlah siswa yang kurang menggembirakan, pada tahun 2007 MTsN 1 Kepulauan Mentawai mendapat tambahan pembangunan tiga ruang kelas baru. Pelaksanaan pembangunan ini tidak dilakukan di KM 02 Tuapejat, melainkan di KM 06 Tuapejat. Hal ini didasarkan pada pertimbangan bahwa lokasi tersebut lebih strategis karena dapat dijangkau dari empat desa di sekitarnya. Keputusan ini terbukti mampu meningkatkan jumlah siswa yang mendaftar dan menjadi peserta didik MTsN Sioban.
Pada bulan September 2007 terjadi gempa besar yang berpusat di Kepulauan Mentawai dan mengakibatkan banyak bangunan mengalami kerusakan. Berdasarkan hasil survei yang dilakukan oleh tim Dinas Kimpraswil Kabupaten Kepulauan Mentawai terhadap gedung ruang belajar dan gedung perkantoran MTsN 1 Kepulauan Mentawai yang berada di KM 02 Tuapejat, dinyatakan bahwa bangunan tersebut mengalami kerusakan berat. Hal ini dibuktikan dengan dikeluarkannya Surat Keterangan dari Dinas Kimpraswil Kabupaten Kepulauan Mentawai Nomor: 600/24/PA/KPW-MTW/III-2008.
Sejak awal tahun 2008, seluruh aktivitas pembelajaran dan administrasi pendidikan dilaksanakan di gedung MTsN yang berlokasi di KM 06 Tuapejat. Karena jumlah ruang yang tersedia hanya tiga lokal, maka kegiatan perkantoran (ruang pimpinan dan majelis guru) dilaksanakan dengan menyekat salah satu ruang kelas. Dengan demikian, dalam satu ruangan terdapat dua kegiatan, yaitu proses belajar mengajar dan administrasi pendidikan.
Pada tahun 2017, berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 879 Tahun 2017 tentang Perubahan atas Keputusan Menteri Agama Nomor 675 Tahun 2016 tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri, dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Sumatera Barat, maka nama madrasah yang sebelumnya MTsN Sioban resmi berubah menjadi MTsN 1 Kepulauan Mentawai.
